بيان برخي از مفاهيم در اين خصوص ضروري به‌نظر مي‌رسد.

ساخت نانوبيوذرات عموماً به دو دسته اصلي از بالا به پايين و از پايين به بالا تقسيم مي‌شود. به‌نظر

مي‌رسد كه دنيا در ساخت مواد از بالا به پايين تا حدودي موفق بوده است و از ساخت توده‌اي مواد و

سپس ريز كردن آنها و رسيدن به بيوذرات در اندازه نانو بهره‌ها برده و ما نيز بايد با برنامه‌ريزي مدون در

ايران، اين مهم را به منصه ظهور برسانيم (البته در مقياس آزمايشگاهي موفق بوده‌ايم و بايد در فاز بعدي

به سمت توليد انبوه و صنعتي برويم). ساخت از پايين به بالاي بيوذرات (به‌صورت اتم به اتم) در دستور

 كار مراكز تحقيقاتي جهان قرار دارد و پيش‌بيني‌ها حاكي از آن است كه ما بتوانيم توليدات قابل توجه‌اي

در اين خصوص تا سال 2015 ميلادي در دنيا داشته باشيم.

همچنين بسياري از محصولات نسل دوم مواد بيولوژيك، نانوذرات مي‌باشند. لازم به‌ذكر است كه تركيبات

نسل قديم يا نسل اول (First generation) مواد بيولوژيك مانند آنزيم‌ها و پروتئين‌ها مي‌باشند كه در حال

حاضر قادر به تخليص و جداسازي آنها هستيم. اندازة اين مولكول‌ها كمتر از 10 نانومتر مي‌باشد و حتي

به يك نانومتر هم مي‌رسد. ولي مواد نسل جديد مثل DNA، پلاسميد و يا ويروس‌ها و حامل‌هاي دارويي

 اندازه‌اي در حدود 20 تا 200 نانومتر دارند و در نتيجه روش‌هاي مورد استفاده در تخليص نسل اول مواد 

بيولوژيك را نمي‌توان در مورد اين مواد به‌كار برد. به‌عنوان مثال فرض كنيد، براي جداسازي يك پروتئين از 

روش‌هاي جذب استفاده مي‌كنيد. بر روي بستر جذب، ماده‌اي قرار مي‌گيرد كه به‌عنوان جاذب پروتئين

عمل مي‌كند. حال اگر يك نانوذره بزرگ مثل ويروس در اين بستر قرار گيرد، ويروس به‌دليل بزرگ بودن

اندازه، نمي‌تواند وارد خلل و فرج بستر شده و جذب آن شود و در نتيجه اين بستر نمي‌تواند جهت

جداسازي آن مورد استفاده قرار گيرد.

همچنين مي‌توان از روش‌هاي استخراج مايع- مايع به‌عنوان مثالي ديگر نام برد. در

اين‌خصوص مي‌توان پروتئين‌ها و به‌طور كلي ماكرومولكول‌ها را در يكي از فازها (فاز

بالا و يا پايين) جدا كرد. اما قوانين پخش محصول به يكي از فازهاي آبي در مورد

نانوبيوذرات در مقايسه با پخش ماكرومولكول‌ها متنفاوت مي‌باشد. بنابراين براي جداسازي اين ذرات

بايستي از روش‌هاي ديگر استفاده كرد كه اين روش‌ها در نانوبيوتكنولوژي بحث مي‌شوند. به بياني ديگر

در نانوبيوتكنولوژي علاوه بر اين‌كه نگاهمان معطوف به بررسي و ساخت نانوبيوذرات مي‌شود در

روش‌هاي جداسازي و خالص‌سازي اين مواد نيز بايد تجديد نظر جدي صورت گيرد. به‌عبارتي بايد

روش‌هاي موجود براي نسل اول مواد بيولوژيك را براي استفاده از نسل دوم مواد بيولوژيك (نانوبيوذرات)

بهينه كرد